しかし、後発のPASPYは当初からICOCAの片乗り入れを受け入れていたのに対し、長崎スマートカードはnimocaが立ち上がった後も乗り入れや相互利用などのサービス拡大を図らずガラパゴス化。2013年にnimocaが全国相互利用に参加した後も、nimocaはもちろんSUGOCA（JR九州）など他の種類の交通系ICカードもここまで一切、長崎スマートカードのエリアでは使えませんでした。
2016年、同種の独自ICカードを導入した宮崎交通（宮崎市、『宮交バスカ』）がnimocaに全面的に切り替えたのをきっかけに、長崎県バス協会でも次期システムへの移行時期に全国相互利用が可能なnimocaへ切り替えることが検討されましたが、長崎バス（長崎市）がこれに反発します。
「nimocaは福岡の会社。個人情報や運賃収入が長崎県外に流出してしまう」
などと難癖を付けた長崎バスはあくまで独自方式にこだわることにし、Tポイントジャパン（東京都目黒区）と提携した『エヌタスTカード』の発行を始めてしまいます。この結果、長崎スマートカードの後継は長崎バスグループ専用のエヌタスTカードと、他社のnimocaに二分されることになってしまいました。長崎空港（長崎県大村市）と長崎市内を結ぶリムジンバスは、県営バスと長崎バスの2社が運行していますが、長崎スマートカードでは両社とも利用できたものの、長崎バス便はエヌタスTカードを持っていない他県からの旅行者は現金しか使えなくなる恐れがありました。このため、長崎バスでは県内他社に先駆けてnimocaの片乗り入れ利用（nimocaおよび全国相互利用可能な交通系ICカードは長崎バスで乗車に利用できるが、チャージはできない。またエヌタスTカードは他社で使用できない）を受け入れることにし、2月16日（日）付で運用を開始しました。これにより旅行者に対する利便は確保されました。なお西鉄が販売する九州島内バスフリー乗車券『SUNQパス』は、今後も県営・長崎バスの両方で利用できます。
現行の長崎スマートカードは、長崎バスでは既に昨年12月27日限りで取り扱いを終了しています。他の事業者でも、3月22日のnimoca運用開始後は積み増し（チャージ）が出来なくなり、6月30日で利用終了、7月1日からは5年間の予定で払い戻しのみの受付となります。なお、払い戻しの際には手数料分として残高の1/11（9.1％）が引かれてしまうため、バス協会ではスマートカードの残高をできることなら全額使い切ってほしいと呼びかけています。
