JR東日本横浜支社（横浜市西区、東証1部上場）とJR東海（名古屋市中村区、東証1部上場）は、旧国鉄時代から維持されてきた東海道線の臨時夜行快速列車『ムーンライトながら』（東京～大垣）の運転を終了（廃止）すると発表しました。これにより東海道線の夜行列車は、寝台特急『サンライズ瀬戸・出雲』が残るのみとなり、同時に『青春18きっぷ』利用者は乗り継ぎ行動の変化を求められます。
MLながらの前身の長距離普通列車（通称『大垣夜行』）は、旧国鉄時代の1968年（昭和43年）、それまで運転されていた急行『ながら』（東京～大垣）を普通に格下げ、また東海道線最後の客車普通列車（『143／144レ』、東京～大阪）を統合する形で誕生しました。当時は『ドリームなごや』（JR東海バス）や『ドリーム大阪』（西日本JRバス）が開設される前で、東名間、東阪間の長距離移動手段は事実上鉄道しか無く、飛行機は物価的に極めて高額でした。しかも東海道新幹線の開業に伴い廃止される運命にあったものを石田礼助総裁（当時）が覆し、存続させたといわれます。
以後、急行『東海』（東京～静岡）と同じ急行形電車使用で維持され、1980年代以後は『18きっぷ』『鉄道の日記念JR全線乗り放題きっぷ（現・秋の乗り放題パス）』の登場に伴いその利用者にも親しまれてきましたが、1996年（平成8年）にJR東海が新型の特急用電車を投入したのを機にMLながらにリニューアル。一部区間で全車指定席制度を導入してサービス改善を図りました。この頃には、並行する高速バスはそれなりに発達していたものの、関東と静岡県中西部を結ぶ夜行便がないなどの理由でまだまだMLながらの乗客は多く、18きっぷシーズンには指定席券がプラチナチケット化し、JR東海は急行形電車による『臨時大垣夜行』（9375M/9372M、品川～大垣）を頻発させていました。
こうして、2009年3月14日の全国ダイヤ改正で定期運行が終了、18きっぷシーズンを中心とした臨時運行に変わります。臨時運行では、秋の『鉄道の日きっぷ』販売期間の運転が無くなり、救済臨改め『MLながら91・92号』も、同年12月の『コミックマーケット77』への輸送を最後に運転されなくなりました。
